Нет, настройка ядра v2, указанная в Студии, не применится автоматически при запуске кода на удаленной машине через раннер. Необходимо будет указать эту настройку в файле конфигурации запуска на раннере, чтобы использовать ядро v2 при выполнении кода на удаленной машине. Данная функция будет доступна в версии Студии 23.5